Las pinturas murales del claustro del convento de Huejotzingo están en cierto estado de deterioro, se hayan muy borrosas.

Los muros laterales de la Sala de Profundis se puedes encontrar cubiertos con escenas franciscanas y con imágines de otros santos relacionados con la orden. Se explica la presencia de San Pedro y San Pablo que al mismo tiempo que San Francisco, están sosteniendo la Iglesia. Otra pareja de santos franciscanos eminentes es la que forman San Buenaventura y San Antonio de Padua, también parejas de santas como Santa Clara y Santa Elena.
El ciclo de la vida de San Francisco tiene como fuente fundamental “Las Florecillas” y “La Leyenda” de SAN Buenaventura, de donde procede la escena de San Francisco vestido de caballero y arrodilladlo ante Cristo de la Cruz, que le pide la restauración de la Iglesia, o como monje predicando a los hermanos pájaros, escena que suponía una invitación a los misioneros que tenían la tarea de llevar la doctrina cristiana a los indios. Y de la misma fuente procede la Estigmatización. Finalmente, la representación del rapto de San Francisco en el Carro de Fuego venia a significar el conocimiento que tenia de las cosas ocultas. Al testero de la sala esta la escena de los doce adorando la Cruz, que muestra las huellas de los calvos, aunque sin el cuerpo de Cristo, como símbolo de la labor evangelizadora.

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